Η ιστορία της Εκκλησίας Κρήτης  ακολούθησε τις πολιτικές τύχες της Μεγαλονήσου.

33-330: Ρωμαϊκή κατοχή  Πρωτοχριστιανική περίοδος
330-824: Α' Βυζαντινή περίοδος
824-961: Αραβοκρατία
961-1204: Β' Βυζαντινή περίοδος
1204-1669:  Βενετοκρατία
1669-1898:  Τουρκοκρατία
1898-1913: Αυτόνομη Κρητική Πολιτεία
1913: Ένωση με την Ελλάδα, ημιαυτόνομη Εκκλησία, εξαρτώμενη από το Οικουμενικό Πατριαρχείο